Las bahías y los estuarios son cuerpos de agua en los que los ambientes marinos y de agua dulce se entremezclan. El ecosistema de la Bahía depende del agua dulce que fluye aguas abajo desde los ríos, bayous y arroyos. La cantidad y la ubicación temporal del caudal afluente de agua dulce están directamente relacionadas con la salinidad, la disponibilidad de nutrientes para impulsar la red alimentaria y la disponibilidad de sedimentos que apoyan los hábitats de la Bahía.

En promedio, la región Houston-Galveston recibe de 40 a 50 pulgadas de precipitaciones al año. Sin embargo, la región experimentó una sequía extrema entre 2010 y 2012, con condiciones de extram sequía en 2011. En 2015 y 2016, los valores pluviométricos se encontraron nuevamente por encima del promedio, con inundaciones importantes en mayo y abril de esos años, respectivamente. Con el final de la época de sequía y dos años consecutivos con precipitaciones por encima del promedio, los ríos, bayous y arroyos de la Bahía parecen mantener una corriente con un ritmo adecuado por ahora, obteniendo una C. Sin embargo, el aumento de la utilización del agua y la variabilidad del clima amenazan la disponibilidad futura de caudales afluentes de agua dulce en la región.

El aumento relativo del nivel del mar es la combinación de hundimiento del suelo con el aumento de los niveles del océano. Los aumentos del nivel del mar afectan hábitats costeros importantes, así como a comunidades humanas. La larga historia de aumento del nivel del mar en la Bahía de Galveston, la subsidencia, las mareas de tempestad e inundaciones hacen del nivel del mar un asunto de preocupación crítica.

La calificación por el aumento del nivel del mar continúa siendo una F. En promedio, el nivel del mar ha aumentado dos pies durante los últimos 100 años en el Muelle 21 en Galveston y se espera que esa tendencia continúe. Las ciudades costeras alrededor de Estados Unidos, como Miami Beach en Florida, Wilmington en Delaware y Annapolis en Maryland ya están enfrentando inundaciones costeras crónicas y están buscando formas de adaptarse y volverse más resilientes.

Las temperaturas del agua en el invierno representan el rango más bajo de temperaturas que las plantas y los animales deben superar para vivir en la Bahía. A medida que los cambios en el clima afectan las temperaturas del agua, especies de plantas y animales se trasladan a nuevas áreas donde antes no se les encontraban. Las temperaturas del agua de la Bahía en invierno, desde diciembre hasta febrero, no presentaron ningún incremento desde 1970 hasta 2017, obteniendo una calificación A.

La acidez o la alcalinidad del agua se miden mediante valores de pH. Entre más bajo sea el pH, mayor es la acidez. Dado que el pH de la Bahía de Galveston está determinado por la mezcla de agua salada del Golfo de México y de agua dulce de los ríos y bayous de la cuenca, los cambios que ocurran en cualquiera de las fuentes pueden ocasionar un impacto. Los valores de pH en la Bahía se mantienen y están dentro de un rango seguro para la vida marina, obteniendo una calificación A.