Los químicos tóxicos representan una amenaza para nuestra salud y la salud de la Bahía y han generado el establecimiento de Advertencias sobre el consumo de mariscos. Los programas de monitoreo recaban información que describen las toxinas en los sedimentos de la Bahía de Galveston y el Canal de Navegación de Houston, donde las elevadas concentraciones de metales tales como el mercurio, y los compuestos orgánicos tales como los PCB y los hidrocarburos aromáticos policíclicos (polycyclic aromatic hydrocarbons, PAHs) se encuentran en el sedimento. Los niveles de toxinas orgánicas en el Canal de Navegación de Houston permanecieron con una B. Las toxinas orgánicas más comunes encontradas en los sedimentos del Canal de Navegación de Houston son Acenaftileno, que es un PAH , y los PCB, aunque sus concentraciones en los sedimentos del Canal de Navegación de Houston han mejorado. El metal inorgánico que con más frecuencia se encuentra en los sedimentos del Canal de Navegación de Houston continúa siendo el Mercurio, el porcentaje de muestras de mercurio que excedían los estándares estatales volvió a aumentar, cambiando el grado de B a C. El número de muestras recogidas en el Canal de Navegación de Houston sigue siendo bajo, lo que dificulta la elaboración de informes sobre estos contaminantes.
Las dioxinas en el Canal de Navegación de Houston son monitoreadas como parte del sitio del superfondo de los fosos de desechos de San Jacinto, pero no existe suficiente información para determinar una calificación para las dioxinas en la Bahía de Galveston. Por ello, las dioxinas en la Bahía de Galveston recibieron una calificación de «incompleto». El peligro de los contaminantes de larga data tales como los PCB y las dioxinas es que pueden permanecer en los sedimentos durante décadas y moverse hacia la red alimentaria de la bahía.